Kościół katolicki w Niemczech przed wybuchem II wojny światowej skupiał ponad jedną trzecią ludności Niemiec, obok większości protestanckiej. Naziści chcieli przeciągnąć Kościół na swoją stronę. Podpisanie konkordatu między Stolicą Apostolską a III Rzeszą w lipcu 1933 roku było tego przykładem, choć bardzo szybko zaczęto go łamać, ograniczając działalność organizacji katolickich i aresztując duchownych. Kościół katolicki w Niemczech był i jest jedną z najbogatszych instytucji w kraju, co również sprawiało, że naziści woleli go początkowo kontrolować niż otwarcie likwidować. Nie oznaczało to jednak respektowania wszystkich postanowień konkordatu, a do wybuchu wojny dokument ten był wielokrotnie naruszany, zaś wielu duchownych trafiło do obozów koncentracyjnych, zwłaszcza do Dachau.

Z biegiem czasu zaczęła tworzyć się w niemieckim Kościele katolickim wyraźna opozycja wobec nazizmu. Podobnie było w Kościele protestanckim, gdzie pod przewodnictwem pastora Martina Niemöllera powstał tzw. Bekennende Kirche, czyli Kościół Wyznający, sprzeciwiający się podporządkowaniu Kościołów państwu nazistowskiemu. Niemöller został w 1937 roku aresztowany i trafił do obozów Sachsenhausen i Dachau. Po wybuchu wojny i po zajęciu ziem polskich duchowni niemieccy starali się wstawiać za polskimi kapłanami i świeckimi, jednak opór ten władze nazistowskie brutalnie tłumiły. Opornych duchownych zsyłano do obozów koncentracyjnych, nierzadko aż do śmierci. Zdarzały się jednocześnie sytuacje, w których wysoko postawieni duchowni występowali przeciw złemu traktowaniu robotników przymusowych, Żydów i Polaków, domagając się przestrzegania podstawowych zasad moralnych.

Jednym z najbardziej znanych hierarchów, którzy otwarcie krytykowali nazistów, był kardynał Clemens August von Galen, biskup Münsteru, nazywany „Lwem Münsteru”. W swoich kazaniach w 1941 roku ostro potępił on akcję eutanazji osób chorych psychicznie (Aktion T4), a także bezprawne aresztowania i represje. Był jednym z duchownych współpracujących przy przygotowaniu encykliki Piusa XI Mit brennender Sorge („Z wielką troską”), ogłoszonej w 1937 roku, która potępiała neopogański, rasistowski charakter ideologii nazistowskiej i łamanie konkordatu przez władze III Rzeszy. Wystąpienia von Galena wywoływały wściekłość wielu nazistów z Hitlerem na czele, ale z obawy przed reakcją ludności nie zdecydowano się go zabić podczas wojny. Po jej zakończeniu wielu uratowanych przez niego ludzi mówiło o nim z ogromnym szacunkiem.

Innym ważnym duchownym był Michael von Faulhaber, arcybiskup Monachium i Fryzyngi. Już od początku rządów nazistów wygłaszał kazania krytykujące antysemicką propagandę oraz prześladowania Kościoła, a jego adwentowe kazania z lat 1933–1934 otwarcie broniły Starego Testamentu i korzeni żydowskich chrześcijaństwa. Zapłacił za to nieustanną inwigilacją ze strony Gestapo i licznymi przesłuchaniami.

Do duchownych katolickich, którzy sprzeciwiali się nazizmowi, należeli także:

Adolf Bertram, kardynał, przewodniczący Konferencji Episkopatu Niemiec, który już w 1933 roku skarżył się na fakt, że naziści, mimo świeżo zawartego konkordatu, likwidują katolickie organizacje i uderzają w życie kościelne, choć jego postawa wobec reżimu bywa oceniana różnie i nie zawsze tak jednoznacznie jak von Galena.

Karl Maria Splett, biskup gdański. Po zajęciu Pomorza przez Niemcy i włączeniu Gdańska do Rzeszy protestował przeciwko dewastowaniu kościołów i ograniczaniu duszpasterstwa polskiego. Zdarzało się, że pomimo zakazów umożliwiał spowiedź i posługę w języku polskim, choć pod naciskiem władz nazistowskich stopniowo podporządkował się niektórym zarządzeniom, co po wojnie stało się przedmiotem ostrych kontrowersji i procesu sądowego.

Hubert Czechowski z Warmii, duchowny katolicki, który za udzielanie pomocy duszpasterskiej i materialnej polskiej ludności został aresztowany i zamordowany przez Niemców w 1941 roku.

Otto Neururer, austriacki ksiądz, przewieziony najpierw do Dachau, a następnie do Buchenwaldu. Tam, po udzieleniu chrztu współwięźniowi, padł ofiarą prowokacji Gestapo. Został okrutnie powieszony za nogi w karcerze i zmarł w 1940 roku.

Dietrich von Hildebrand, świecki filozof i teolog katolicki, którego Hitler nazwał jednym z „największych wrogów narodowego socjalizmu”. Został skazany na śmierć zaocznie przez władze III Rzeszy i zmuszony do ucieczki – najpierw do Austrii, a potem, po Anschlussie, do Szwajcarii, Francji i ostatecznie do Stanów Zjednoczonych, skąd do końca wojny prowadził działalność publicystyczną przeciw nazizmowi.

Część niemieckiego duchowieństwa, zarówno katolickiego, jak i protestanckiego, protestowała przeciw Nocy Długich Noży, przeciw Kristallnacht, przeciw programowi eutanazji i prześladowaniom Żydów oraz Polaków. Protesty te zazwyczaj pozostawały bez skutku politycznego, ale pokazują, że w Kościołach istniała realna, choć ograniczona, opozycja wobec reżimu. Nie zmienia to faktu, że znalazło się także wielu duchownych, którzy popierali Hitlera i narodowy socjalizm, czy to z lęku przed konsekwencjami, czy z autentycznego przekonania. Ci, którzy otwarcie współpracowali z reżimem, otrzymywali zaszczytne tytuły w rodzaju „biskupa Rzeszy” i cieszyli się względami władz.

Księży lojalnych wobec nazistów wysyłano na front, by nieśli nie tylko posługę religijną, ale też propagandę wśród żołnierzy. Niektórzy posuwali się jeszcze dalej. Po samobójstwie Adolfa Hitlera odprawiano miejscami msze w jego intencji, co miało miejsce między innymi w oblężonym Wrocławiu oraz w niektórych miastach południowych i północnych Niemiec. Te przykłady pokazują, jak bardzo postawy duchownych w III Rzeszy były zróżnicowane- od heroicznego oporu aż po pełną kolaborację.