Protektorat Czech i Moraw powstał w marcu 1939 roku, po zajęciu ziem Czech i Moraw przez III Rzeszę. Od Protektoratu odłączono ziemie Sudetenlandu, które przypadły Niemcom na mocy układu monachijskiego, oraz Słowację, która ogłosiła niezależność od Pragi i stała się państwem satelickim. Protektorat formalnie stanowił część III Rzeszy, posiadał jednak własnego prezydenta, którym był Emil Hácha, oraz własny rząd i namiastkę własnego wojska. W praktyce decydujący głos, jeśli chodzi o politykę wewnętrzną i zewnętrzną, należał zawsze do protektora Czech i Moraw, całkowicie zależnego od decyzji władz w Berlinie i wywodzącego się z NSDAP.

Jeśli chodzi o kwestie obronności, możliwości posiadania własnej armii regulowały postanowienia zawarte między władzami III Rzeszy a władzami Protektoratu. Na terenie marionetkowego państwa stacjonowała regularna armia niemiecka, jednak Berlin zgodził się na utworzenie namiastki wojska czeskiego, oczywiście pod ścisłą kontrolą niemiecką. Nowa „armia”, czyli tzw. wojsko rządowe Protektoratu, miała liczyć około 7 tys. ludzi, bez ciężkiego sprzętu, uzbrojona głównie w starsze karabiny niemieckie. Przed 1938 rokiem armia czechosłowacka liczyła ponad 200 tysięcy dobrze uzbrojonych żołnierzy i miała oparcie w gęstej sieci umocnień na terenie Sudetów, teraz wszystko to było już w rękach III Rzeszy. Nie było mowy o jednostkach pancernych ani lotniczych, jedynym „cięższym” uzbrojeniem miały być karabiny maszynowe. Jednostki nowego wojska miały dbać o bezpieczeństwo wewnątrz Protektoratu, co najczęściej oznaczało pilnowanie linii kolejowych, obiektów strategicznych oraz udział w tropieniu alianckich spadochroniarzy zrzucanych na pomoc czeskiemu ruchowi oporu. Mimo to nie udało się nigdy osiągnąć pełnego, planowanego stanu bojowego na poziomie 7 tysięcy żołnierzy, naziści nie zgodzili się też na tworzenie rezerw. Wojsko Protektoratu formalnie podlegało Wehrmachtowi, a na dowódcę z ramienia władz czeskich mianowano generała Jaroslava Emingera, który w praktyce miał bardzo ograniczone możliwości działania, tym bardziej że dowódca SS i niemieckiej policji w Protektoracie blokował przyjmowanie nowych rekrutów.

Mania „aryjskości”, którą naziści kierowali się w całej Europie, dawała o sobie znać również w Protektoracie. Wszyscy kandydaci do „wojska” musieli wykazać „aryjskie” pochodzenie, sięgające co najmniej trzech pokoleń wstecz. Dodatkowo ściśle określono ramy wiekowe rekrutów od 18 do 24 lat, a służba miała mieć charakter wieloletni i wiążący całe dorosłe życie żołnierzy z aparatem protektoratu. Władze niemieckie nie chciały dopuścić do tego, aby czescy sprzymierzeńcy byli wysyłani na główne fronty, obawiano się bowiem masowych dezercji na stronę aliantów. Obawy te były uzasadnione, ponieważ w szeregach alianckich walczyło już wielu Czechów, którym udało się przedostać do Francji, Wielkiej Brytanii czy na Bliski Wschód po rozpadzie Czechosłowacji. III Rzesza została postawiona pod ścianą w roku 1944, kiedy alianci wylądowali w Normandii i posuwali się jednocześnie w górę Półwyspu Apenińskiego. Niemcy przerzucili wówczas część armii Protektoratu, około 5 tysięcy żołnierzy, do Włoch, gdzie mieli pełnić służbę na drugiej linii frontu, głównie przy budowie umocnień polowych i walkach przeciwko partyzantom. Spełniły się wszystkie obawy niemieckiego dowództwa, żołnierze czescy zaczęli dezerterować, przechodzić do partyzantki lub na stronę aliantów. W takiej sytuacji jednostki Protektoratu zostały wycofane z Włoch z powrotem do Czech i wykorzystywane głównie jako pomoc techniczna i służby tyłowe. Do końca wojny w charakterze realnej formacji zbrojnej przetrwał w zasadzie tylko jeden batalion, pełniący rolę ochrony rządu i prezydenta Protektoratu.

W maju 1945 roku, wobec totalnej klęski III Rzeszy, resztki „nowego wojska czeskiego” przeszły na stronę aliantów. Gdy w Pradze wybuchło powstanie antyniemieckie, żołnierze protektoratu wzięli udział w walkach z garnizonem niemieckim, uczestniczyli w rozbrajaniu oddziałów Wehrmachtu oraz pomagali w przejmowaniu ważnych obiektów, ułatwiając w ten sposób Armii Czerwonej zajęcie miasta. Mimo tego udziału w powstaniu i symbolicznego „odkupienia win” nie wszyscy zostali potraktowani ulgowo. Po wojnie rozpoczęły się procesy części oficerów i żołnierzy, zapadały wyroki śmierci oraz długoletnie kary więzienia, choć część dowódców, w tym Jaroslav Eminger, została ostatecznie uniewinniona jako ci, którzy starali się ograniczać skalę kolaboracji. Historia wojska Protektoratu Czech i Moraw pozostaje do dziś przykładem fasadowej armii podporządkowanej okupantowi i jednocześnie dramatycznych wyborów, przed jakimi stawały elity małych państw wciśniętych między potęgi czasu wojny.